Hay cinco especies de peces, dos platinchos (especies nativas) y la gambusia, además de la carpa y el pejerrey (especies introducidas). También existen dos especies de anfibios como son el sapo y la rana.
Las aves silvestres constituyen el atractivo Alalay, principalmente durante la primavera, época en la que llegan desde Norteamérica y la Patagonia. Hasta 1997 se podía disfrutar de la presencia de los flamencos, pero dejaron de venir. Se han registrado más de 136 especies de aves, de tierras altas y de tierras bajas, según la Dirección de Turismo.
El investigador del CESU Carlos Crespo Flores dijo que han desaparecido al menos 10 especies.
En febrero de 2011 se aprobó la Ordenanza 4218 que otorga la nominación de “Visitantes Distinguidos” a las aves migratorias de diferentes especies.
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